Chapitre 7 - Entérobactéries et autres bacilles à gram négatif non exigeants

7.1 - Les entérobactéries

7.1.1 - Caractères généraux et classification des entérobactéries

7.1.1.1 Définition des entérobactéries

La famille des entérobactéries se définit par les caractères suivants :

  • bacilles à Gram négatif (2 à 4 microns de long sur 0,4 à 0,6 microns de large),
  • mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles,
  • poussant sur milieux de culture ordinaires,
  • aérobies - anaérobies facultatifs,
  • fermentant le glucose avec ou sans production de gaz,
  • réduisant les nitrates en nitrites,
  • oxydase négatif.

Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de leur pathogénie et de leur écologie. Les espèces qui composent cette famille sont en effet soit parasites (Shigella, Yersinia pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp).

7.1.1.2 Répartition en genres

Au sein des entérobactéries, on distingue de nombreux genres (Shigella, Escherichia, Enterobacter, Serratia, etc…). La distinction entre les genres se fait par l'étude des caractères biochimiques dont les plus importants sont : fermentation du lactose, production d'indole, production d'uréase, production d'acetoïne (réaction dite VP+), utilisation du citrate, desamination du tryptophane.

7.1.1.3 Caractérisation des espèces

Au sein de chaque genre, on individualise des espèces, par l'étude des caractères biochimiques ou antigéniques. Les entérobactéries possèdent toutes des antigènes de paroi (« somatiques ») ou antigènes O. Les entérobactéries mobiles possèdent en plus des antigènes de flagelle (« flagellaires ») ou antigènes H. Enfin, certains possèdent un antigène d'enveloppe ou antigène K.

  1. Antigène O
    L'antigène O est l'endotoxine des bactéries à Gram négatif. Il est composé de lipopolysaccharides (LPS) complexes, très toxiques, capables de provoquer dans l'organisme humain fièvre, leucopénie, bradycardie, hypotension et choc, coagulation intra-vasculaire disséminée et mort (la dose létale pour la souris est de 200 mcg).
    L'antigène O est constitué d'une mosaïque d'antigènes dont certains sont des constituants communs à toutes les entérobactéries et germes apparentés, et d'autres, des constituants spécifiques de chaque espèce. On peut identifier ces antigènes par plusieurs techniques dont la plus courante est l'agglutination sur lame avec des sérums spécifiques : la présence d'une agglutination indique qu'il y a correspondance entre le sérum utilisé et un antigène de la souche étudiée.
    Au cours des infections systémiques à entérobactéries, il y a lyse bactérienne et libération d'antigène O. En raison de sa toxicité, celui-ci entraîne un certain nombre d'effets physiopathologiques (cf. anatomie fonctionnelle). Etant antigénique, il entraîne aussi la formation d'anticorps spécifiques anti-O qui peuvent être dosés dans certains cas fournir un moyen indirect de faire le diagnostic de la maladie, comme par exemple le séro-diagnostic de WIDAL et FELIX dans le cas des fièvres typhoïde et paratyphoïdes.
  2. Antigène H
    L'antigène H n'est pas toxique. De nature protéique, il est constitué comme l'antigène O d'une mosaïque d'antigènes avec des constituants communs à toutes les entérobactéries mobiles et des constituants spécifiques à chaque espèce. On peut les mettre en évidence par agglutination sur lame avec des sérums spécifiques. Au cours des infections systémiques à entérobactéries, il y a formation d'anticorps anti H. Ces anticorps qui ne sont pas neutralisants (c'est-à-dire qui n'ont pas d'effet protecteur) peuvent être dosés et permettre alors, avec les anticorps anti-O, de faire le séro-diagnostic des infections à entérobactéries.
  3. Antigène K
    L'antigène K qui entoure la paroi de certaines entérobactéries peut masquer l'antigène O (ex. antigène Vi, pour virulence, de Salmonella typhi).

7.1 - Les entérobactéries

7.1.2 - Salmonella

7.1.2.1 Définition et habitat

Les Salmonella sont des entérobactéries dont les caractères essentiels sont de ne pas fermenter le lactose et de ne pas produire d'uréase. Les Salmonella sont des parasites de l'homme, des mammifères (rongeurs), des oiseaux (volailles) et des animaux à sang froid (reptiles). Elles sont responsables, après pénétration par voie orale, de nombreuses infections (salmonelloses), notamment des fièvres typhoïde et paratyphoïdes (maladies à déclaration obligatoire n° 1), des gastro-entérites et des toxi-infections alimentaires collectives (maladies à déclaration obligatoire n° 12).

Le principal mode de contamination chez l'homme est l'ingestion à partir de l'eau (S.typhi surtout), des aliments (ex. produits laitiers, oeufs, viande) ou d'animaux familiers porteurs (tortues).

7.1.2.2 Classification

Les travaux récents de taxonomie, en particulier par hybridation de l'ADN, ont permis de conclure que le genre Salmonella ne comportait qu'une seule espèce, Salmonella enterica. Cette espèce comprend 7 sous-espèces différenciées par leurs biotypes. Les sous-espèces sont subdivisées en près de 2 000 sérovars sur la base de leurs antigènes O, H et de capsule. Les sérovars étaient auparavant considérés comme des espèces distinctes.

7.1.2.3 Pouvoir pathogène naturel

  1. Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes
    1. Etiologie
      Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes sont provoquées par quatre sérovars de Salmonella, strictement humains, antigéniquement distincts mais de pouvoir pathogène similaire : S.Typhi, S.Paratyphi A, S. Paratyphi B et S. Paratyphi C. Ces salmonella sont dites majeures en raison de la gravité de la pathologie qu'elles provoquent.
    2. Physio-pathologie
      Les Salmonella sont ingérées avec une boisson ou un aliment contaminé (coquillages).
      La dose infectante serait de l'ordre de 105 bactéries. Elles traversent sans la léser la paroi intestinale et gagnent les ganglions mésentériques satellites où elles vont se multiplier. Une partie des Salmonella se lysent et libèrent leur endotoxine. Celle-ci provoque des signes cliniques (fièvre, tuphos, bradycardie) et biologiques (leucopénie) et une irritation des plaques de PEYER qui peut entraîner des hémorragies intestinales et des perforations. A partir des ganglions mésentériques, par le canal thoracique, des Salmonella gagnent le courant sanguin (hémoculture positive), et disséminent dans tous les organes (reins, foie, vésicule biliaire) et sont excrétées en faible nombre et de manière intermittente dans les selles (coproculture positive). Finalement, l'organisme infecté produit des anticorps contre les antigènes bactériens (sérodiagnostic positif), qui contribuent à la guérison spontanée de la maladie. Sans traitement, la mortalité est d'environ 20 %.
    3. Diagnostic biologique
      Il repose sur la mise en évidence de la Salmonella responsable (diagnostic direct) par hémoculture et/ou par coproculture, et/ou sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques par le sérodiagnostic (diagnostic indirect).
      • Mise en évidence de la Salmonella
        • L'hémoculture est le moyen essentiel de faire le diagnostic d'une fièvre typhoïde.
          Comme il y a peu de Salmonella dans le courant sanguin, les hémocultures doivent être répétées. En l'absence de traitement antibiotique elles sont positives :
          • dans 90 % des cas durant la première semaine de la maladie (1er septennaire)
          • dans 75 % des cas durant la deuxième semaine de la maladie (2e septennaire)
          • dans 40 % des cas durant la troisième semaine de la maladie (3e septennaire)
          • dans 10 % des cas durant la quatrième semaine de la maladie (4e septennaire).


La bactérie isolée sera identifiée comme Salmonella par ses caractères biochimiques.
L'espèce en cause sera ensuite précisée par ses caractères antigéniques (voir tableau 1). Malgré la rareté de la résistance acquise aux antibiotiques chez ces espèces un antibiogramme viendra compléter l'examen (sensibilité au chloramphénicol, à l'ampicilline, au cotrimoxazole, etc…).

  1.  
    1.  
      •  
        • La coproculture se fait sur milieu sélectif, avant et après préculture sur milieux d'enrichissement. Etant donné le faible nombre de Salmonella excrétées dans les selles, cet examen doit être répété mais cependant reste souvent négatif. La coproculture n'est donc pas un le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde. En revanche, à la fin du traitement, elle est un bon moyen de s'assurer que le malade n'est pas devenu porteur chronique de Salmonella et donc qu'il ne constitue pas une source de contamination pour son entourage.
      • Sérodiagnostic de la fièvre typhoïde
        Le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX permet de détecter la présence dans le sang d'anticorps dirigés contre les constituants des Salmonella :
        • Les anticorps anti-O apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur maximum vers le 14e jour, restent ensuite en plateau jusqu'à la 4e semaine puis disparaissent rapidement. Ils n'atteignent jamais un taux plus élevé que 1/200e à 1/400e.
        • Les anticorps anti-H apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement pour atteindre un maximum de 1/800e à 1/1600e vers le 14e jour, restent en plateau jusqu'à la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais à l'inverse des anticorps anti O, ils ne disparaissent pas complètement. Ils persistent toute la vie à un taux de l'ordre de 1/200e.


L'interprétation des résultats du sérodiagnostic peut être délicate :

  1.  
    1.  
      •  
        • Si un sujet atteint de fièvre typhoïde reçoit des antibiotiques très précocément, les anticorps anti-O peuvent ne pas apparaître et les anticorps anti-H n'atteindre qu'un taux faible. Parfois, ni les anticorps anti-O ni les anticorps anti-H n'apparaissent.
        • Chez certains sujets atteints de fièvre typhoïde véritable et qui n'ont pas été traités précocement, les anticorps anti-O et anti-H peuvent ne pas apparaître.
        • Des récidives de fièvre typhoïde peuvent s'observer même chez des sujets porteurs de taux élevés d'anticorps anti-O et anti-H (la présence d'anticorps n'assure pas toujours l'immunité).
        • La vaccination par le vaccin TAB (antityphoïde et antiparatyphoïde A et B) laisse persister des anticorps anti TH, AH et BH. Cette signature sérologique ne doit pas en imposer pour un sérodiagnostic positif.


Au total, le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX n'est pas le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde.

  1.  
    1. Traitement
      • Le traitement curatif repose sur l'antibiothérapie. Le chloramphénicol a été longtemps l'antibiotique de choix et a été remplacé par les fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
      • Le traitement préventif repose surtout sur l'hygiène générale (qualité de l'eau potable, entretien du réseau d'égout, stations d'épuration, hygiène alimentaire, etc…) et sur la vaccination TAB (S. typhi, paratyphi A et B) des populations spécialement exposées (militaires, personnel hospitalier, etc…). Un vaccin acellulaire spécifique de la fièvre typhoïde (TYPHIM) est disponible depuis 1988. Il est constitué de l'antigène capsulaire purifié de S.typhi.
  2. Gastro-entérites à Salmonella
    Les Salmonella dites « mineures » (Salmonella typhi murium, enteritidis, dublin etc…), ubiquitaires, sont ingérées avec une boisson ou un aliment contaminé (cas sporadiques) ou après contamination fécale-orale, souvent par les mains sales (épidémies de collectivités d'enfants). Il peut s'ensuivre des infections purement digestives, les gastro-entérites. Celles-ci se traduisent par de la diarrhée, des vomissements et de la fièvre. Leur évolution est en général bénigne. Certains sujets restent porteurs sains de Salmonella dans leur tube digestif et peuvent dans certaines circonstances (profession de l'alimentation) disséminer leur souche. Le diagnostic biologique des gastro-entérites repose sur l'isolement de la Salmonella par coproculture. Les hémocultures et le sérodiagnostic sont négatifs, la Salmonella restant purement digestive.
    Chez le nouveau-né, le jeune enfant, le sujet âgé, l'immuno-déprimé (ex. SIDA), les Salmonella mineures sont susceptibles de franchir la barrière intestinale et de provoquer un syndrome septicémique de type typhoïdique avec hémocultures positives. Le traitement des gastro-entérites à Salmonella repose essentiellement sur la réhydratation. L'antibiothérapie per os (fluoroquinolones, cotrimoxazole) est indiquée dans les formes sévères. Le traitement antibiotique des porteurs sains de Salmonella est décevant. Le traitement préventif repose sur l'hygiène générale : hygiène alimentaire, hygiène des collectivités.
  3. Toxi-infections alimentaires collectives à Salmonella
    La consommation simultanée par plusieurs personnes d'un aliment massivement contaminé par des Salmonella mineures entraîne un tableau de gastro-entérite, qui, simulant un véritable empoisonnement, est appelé toxi-infection alimentaire collective (TIAC). La période d'incubation est de 10 à 18 heures. Les troubles durent en général 2 à 5 jours. Les complications sont rares sauf chez les sujets à faibles moyens de défense (cf. gastro-entérites). L'aliment responsable est identifié par enquête épidémiologique (enquête cas-témoin). Le diagnostic se fait par recherche de la Salmonella dans les selles des malades et dans l'aliment incriminé (s'il est encore accessible). Le traitement est le même que celui des gastro-entérites. La prévention repose essentiellement sur l'hygiène des cuisines collectives (détection des porteurs sains, techniques de préparation, techniques de conservation : « chaîne du chaud » ou « chaîne du froid », etc...).

7.1 - Les entérobactéries

7.1.3 Shigella

7.1.3.1 Définition

Les shigella sont des entérobactéries immobiles extrêment proches de Escherichia coli mais qui ne fermentent pas le lactose. Elles n'ont pas d'uréase et ne produisent pas de gaz. Elles sont parasites de l'homme et entrainent une colite infectieuse endémo-épidémique, la dysenterie bacillaire (shigellose).

7.1.3.2 Le pouvoir pathogène

  1. Physio-pathologie
    Après pénétration par voie orale (la dose infectante serait de l'ordre de 102 bactéries) les Shigella envahissent la muqueuse de la partie terminale de l'iléon et du gros intestin. Elles y forment des micro-abcès qui donnent naissance à des ulcérations superficielles qui saignent et se recouvrent d'une pseudo-membrane faite de mucus, de débris cellulaires, de leucocytes et de Shigella. La virulence est liée à la présence de grands plasmides (120 à 140 MDa) codant pour des protéines nécessaires à la phagocytose par les cellules M des plaques de Peyer et à la multiplication intracellulaire, et au passage de cellule à cellule. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine à activité entérotoxique et neurotoxique, responsable du syndrome hémolytique urémique (SHU).
  2. Clinique
    Les sujets atteints de shigellose se plaignent de douleurs intestinales paroxystiques (coliques), de diarrhée et de fièvre. Les selles sont liquides et contiennent du mucus, du pus et du sang.

7.1.3.3 Etude bactériologique

Les Shigella sont immobiles. Elles sont classées en 4 espèces elles-mêmes divisés en sérotypes selon leurs caractères antigéniques.

  • Groupe A : S.dysenteriae
    Il en existe 10 sérotypes différents, dont le type 1 s'appelle le bacille de Shiga. Celui-ci produit aussi une exotoxine protéique qui provoque des troubles paralytiques chez les sujets atteints.
  • Groupe B : S.flexneri
    Il en existe 6 sérotypes qui sont responsables de 20 % des shigelloses observées en France.
  • Groupe C : S. boydii
    Il en existe 15 sérotypes qui sont très répandus en Afrique mais ne se rencontrent pas en France sauf s'il s'agit de cas importés.
  • Groupe D : S.sonnei
    Il existe un seul type, responsable de 80 % des shigelloses observées en France.

7.1.3.4 Diagnostic bactériologique

Dans les infections à Shigella il est très rare qu'il y ait passage de bactéries dans le sang ; les hémocultures sont donc le plus souvent négatives et le diagnostic repose sur l'isolement de Shigella par coproculture.

L'examen macroscopique et microscopique des selles fournit souvent des éléments de présomption : présence de mucus, de sang et de pus.

La coproculture se fait selon des techniques et sur des milieux sélectifs identiques à ceux qui sont employés pour la recherche des Salmonella. L'identification de la Shigella est complétée par un antibiogramme en raison de la fréquence de la résistance acquise aux antibiotiques chez ces bactéries (les plasmides de résistance aux antibiotiques ont été découverts chez les Shigella).

7.1.3.5 Traitement

  1. Traitement curatif
    Il repose sur l'administration d'antibiotiques (ampicilline, cotrimoxazole, fluoroquinolones) et, si besoin, sur la réhydratation.
  2. Traitement préventif
    C'est le plus important. La dysenterie bacillaire est par excellence une maladie de transmission fécale-orale : mains (« maladie des mains sales »), aliments, eau. Ce sont les mesures d'hygiène publique qui sont les plus importantes : contrôle de l'eau potable, des aliments ; entretien des réseaux d'égouts ; isolement des malades et désinfection des excreta ; détection des porteurs sains, en particulier chez les professionnels de l'alimentation. Il n' y a pas encore de vaccin disponible.

7.1.4 Yersinia

Définition : entérobactéries immobiles, cultivant lentement, produisant une uréase très active (base de l'identification) mais pas de tryptophane désaminase, à la différence des Proteus qui sont aussi uréase +.

7.1.4.1 Yersinia pestis

  1. Habitat
    Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme, agent de la peste animale et humaine. Le réservoir est constitué par les rongeurs sauvages (peste sauvage ou silvatique, endémique). Chez les rats domestiques, la maladie occasionne des épizooties massives qui sont à l'origine des épidémies humaines. L'agent vecteur est la puce du rat qui contamine animaux et hommes par piqûre. Il peut exister une transmission interhumaine par la puce de l'homme, ou par voie aérienne en cas de forme pulmonaire.
  2. Pouvoir pathogène naturel
    Physiopathologie
    Le bacille se multiplie au point d'inoculation (vésico-pustule), se propage par voie lymphatique et se multiplie dans le ganglion lymphatique satellite (adénopathie suppurée : le bubon). L'évolution peut se faire vers la septicémie. La forme septicémique peut être à l'origine d'une localisation pulmonaire secondaire qui à son tour, par transmission aérienne, peut être à l'origine de cas de peste pulmonaire primitive. Le bacille se multiplie dans les macrophages.
    Maladie
    La peste bubonique se présente comme l'association d'un syndrome infectieux sévère, d'un syndrome toxique (endotoxine) et du bubon douloureux, dur, de la taille d'une noisette. La peste pulmonaire qui se présente comme l'association d'un syndrome infectieux sévère et de signes respiratoires très intenses (dyspnée, cyanose) est rapidement mortelle.
  3. Diagnostic
    En cas d'épidémie, le diagnostic est essentiellement clinique. En période d'endémie, le diagnostic repose sur la mise en évidence du bacille par culture du produit de ponction du bubon et par hémoculture.
  4. Traitement
    Préventif
    Lutte contre les rats, sulfamidoprophylaxie collective en cas de risque épidémique.
    Curatif
    Antibiothérapie par streptomycine, tétracycline, chloramphénicol.

7.1.4.2 Yersinia entérocolitica et pseudotuberculosis

  1. Habitat
    Yersinia enterocolitica et Y.pseudotuberculosis, trouvées chez l'animal (maladie des rongeurs) et dans l'environnement (sol, eaux), sont surtout les agents d'infections animales et rarement d'infections humaines.
  2. Pouvoir pathogène naturel
    Physiopathologie
    Le bacille pénètre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions mésentériques. Chez le sujet fragilisé, l'évolution peut se faire vers la septicémie.
    Maladie
    La forme la plus habituelle est l'adénite mésentérique à Y.pseudotuberculosis du sujet jeune à symptomatologie pseudo-appendiculaire. A l'intervention, l'appendice est normal mais on trouve un ou plusieurs ganglions congestifs. L'entérocolite à Y.enterocolitica est plus particulière : elle est à début brutal et associe diarrhée intense, vomissements, douleurs abdominales et fièvre.
  3. Diagnostic
    Il repose sur la mise en évidence du bacille dans les ganglions mésentériques ou les selles en cas de diarrhée. Il existe un sérodiagnostic par agglutination.
  4. Traitement
    La streptomycine semble l'antibiotique de choix, avec la tétracycline et le chloramphénicol

7.1.5 Escherichia coli

7.1.5.1 Définition

Escherichia coli (colibacille) est une entérobactérie mobile capable de fermenter le lactose et de produire de l'indole.

7.1.5.2 Habitat

E.coli est un commensal du tube digestif de l'homme et de nombreux animaux. Il représente à lui seul la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l'intestin (espèce aérobie dominante) à raison de 108 par gramme de fécès (flore totale : 1011 à 1012 bactéries par gramme).

7.1.5.3 Pouvoir pathogène

  1. Les colibacilles, hôtes normaux de l'intestin, ne provoquent normalement pas de maladie. Cependant ils possèdent un potentiel pathogène qu'ils expriment dans certaines circonstances (pathogènes opportunistes) :
    • par pénétration par voie urétrale ascendante (contiguité) dans l'arbre urinaire, à l'origine de cystite (infection limitée à la vessie, sans fièvre) et de pyélonéphrite (infection du rein avec fièvre et bactériémie). La pénétration des colibacilles dans l'arbre urinaire est favorisée chez la femme par la briéveté de l'urètre. Leur persistance est favorisée par (1) la présence de pili ou fimbriae (adhésine) à la surface des bactéries pour lesquels il existe des récepteurs à la surface des cellules épithéliales urinaires et (2) toute anomalie fonctionnelle de l'arbre urinaire (stase, obstacle, reflux...).
      E.coli est responsable des trois-quarts des infections urinaires spontanées en pratique de ville.
    • par essaimage à point de départ digestif : cholécystite suppurée, péritonite, septicémie.
  2. Certaines souches de colibacilles ont un pouvoir entéropathogène intrinsèque par acquisition de gènes de pathogénicité :
  1. Par sécrétion d'entérotoxine (ETEC), ils peuvent provoquer des diarrhées aiguës, « cholera-like ». La sécrétion d'entérotoxine est codée par un plasmide. La toxine est le plus souvent une toxine thermolabile ou LT (très voisine de celle du vibrion cholérique), mais parfois thermostable ou ST. LT entraîne la cascade d'événements suivants, (a) l'activation de l'adénylcyclase, (b) l'augmentation de l'AMP-cyclique, (c) l'activation de kinases AMP-cyclique dépendantes, (d) la phosphorylation de protéines membranaires, et enfin (e) une hypersécrétion intestinale d'eau et de chlorures, un hyperpéristaltisme intestinal et une diarrhée explosive, qui durent de 1 à 3 jours. Les plasmides en cause portent ausi des gènes responsables de la production de pili ou fimbriae (adhésines) qui permettent l'attachement des E.coli à la muqueuse intestinale. Les ETEC sont une des causes les plus fréquentes des diarrhées de l'enfant dans les pays en voie de développement et des voyageurs arrivant dans les zones endémiques (« diarrhée de Mexico »). La moitié des cas de diarrhée du voyageur sont causés par des ETEC.
  2. Par fixation sur la surface des cellules de la muqueuse, abrasion de la bordure en brosse des villosités intestinales et production de cytotoxines (EHEC), les EHEC provoquent une diarrhée aiguë, acqueuse, puis hémorragique (« all blood, no stool »), sans pus ni fièvre. Le sérotype 0157 : H7 est le plus fréquent. Les EHEC produisent de puissantes cytotoxines, dites vérotoxines et appelées SLT car elles ressemblent à la toxine de S.dysenteriae. Elles sont produites sous le contrôle de bactériophages en situation chromosomique (intégrés) convertisseurs. Les SLT disséminent par voie sanguine et inhibent la syhthèse protéique par hydrolyse de l'ARN ribosomal. Les EHEC hébergent un plasmide codant pour une adhésine.
    Les EHEC se propagent sous forme épidémique à partir d'aliments contaminés (« maladie du hamburger ») et provoquent jusqu'à plusieurs centaines ou milliers de cas à la fois. Ils peuvent aussi provoquer une complication redoutable : le syndrome hémolytique et urémique (SHU), dans 5 à 10 % des cas.
  3. Par invasion de la muqueuse colique, certains colibacilles (EIEC) provoquent des diarrhées aiguës, « dysenterie-like », avec présence de mucus, sang et leucocytes dans les selles. Ces E.coli ont été isolés dans quelques cas sporadiques de diarrhée aiguë. La virulence des EIEC est liée à la présence d'un plasmide très proche de celui connu chez Shigella (cf. Shigella, section 7.1.3).
  4. Enfin, certaines souches d'E.coli sont associées à des diarrhées et sont clairement entéropathogènes (EPEC) grâce à des propriétés d'adhésion particulières. Elles ne sont ni secrétrices d'entérotoxine, ni entéro-invasives. Elles forment des pili, codés par des plasmides, qui forment des « faisceaux » (« bundle ») qui se fixent sur les villosités des entérocytes. Les villosités sont progressivement détruites (« attachement-effacement »). Le cytosquelette des entérocytes est altéré et il se produit très rapidement une fuite hydrique dont le mécanisme biochimique n'est pas complètement élucidé.

7.1.5.4 Diagnostic bactériologique

  1. Dans les infections urinaires, le diagnostic bactériologique repose sur la mise en évidence à l'examen microscopique d'une réaction cellulaire de défense contre l'infection (présence de polynucléaires) et en culture d'un nombre élevé d'E.coli. Une concentration de 103-104/ml est suffisante pour établir le diagnostic d'infection urinaire basse symptomatique à E.coli (il en est de même pour les autres entérobactéries possiblement responsables comme Proteus mirabilis, Klebsiella) en cas de symptomes évocateurs, alors qu'une concentration =105/ml permet d'établir le diagnostic d'infection asymptomatique. Lors d'une pyélonéphrite des concentrations très élevées (106/ml) sont trouvées. Aucun sérotype n'est plus particulièrement en cause.
  2. Dans les infections locales autres qu'urinaires (péritonites...), le diagnostic est fait selon les procédés habituels : prélèvements aseptiques, examen microscopique à la recherche d'une réaction inflammatoire et de bacilles à Gram négatif, culture, identification et antibiogramme.
  3. Dans les diarrhées aiguës, la difficulté est d'individualiser les E.coli « entéropathogènes » au sein des E.coli commensaux qui provoquent jusqu'à plusieurs centaines ou milliers de cas à la fois, et peuvent provoquer une complication redoutable : le syndrome hémolytique et urémique (SHU), dans 5 à 10 % des cas.
    • A l'heure actuelle l'entérotoxine ne peut être mise en évidence par des méthodes de routine. L'avenir est sans doute aux sondes d'ADN permettant par hybridation de rechercher soit chez les bactéries isolées des selles, soit dans les selles elles-mêmes, la présence de gènes codant pour les toxines ou de gènes d'invasivité.
    • L'adhérence se met en évidence par incubation sur culture cellulaire (impraticable en routine).
    • Les sérotypes d'E.coli des G.E.I. (EPEC) se mettent en évidence par agglutination sur lame avec des anticorps de collection.
    • Le sérotype 0157-H7 (EHEC) se met en évidence par son caractère sorbitol - (milieu spécifique).
  4. Les colibacilles étant excrétés en quantité abondante dans les matières fécales, leur présence dans l'eau ou les aliments est le témoin d'une contamination fécale (indicateur) et du risque que ceux-ci puissent également contenir des bactéries (salmonella, shigella, vibrions cholériques) ou des virus (poliomyélite, hépatite) pathogènes d'origine fécale. C'est pourquoi la numération des colibacilles fait partie de toute analyse de bactériologie alimentaire.

7.1.5.5 Traitement

  1. Traitement curatif
    Celui des infections urinaires et biliaires repose sur l'antibiothérapie et la correction des facteurs favorisants (anatomiques, calculs...). Le traitement curatif des diarrhées aiguës à colibacilles repose surtout sur la réhydratation. Le traitement des infections péritonéales repose sur le drainage et l'antibiothérapie.
  2. Traitement préventif
    Le traitement préventif fait surtout appel aux mesures d'hygiène générale notamment alimentaire et aux mesures d'hygiène individuelle.

7.1.6 Autres entérobactéries commensales

7.1.6.1 Proteus mirabilis

Ce sont des bactéries très mobiles (pouvant envahir les milieux de culture) qui se distinguent facilement des autres entérobactéries par leurs caratères biochimiques (uréase +, tryptophane désaminase +) et leur résistance naturelle à la colistine. C'est un commensal du tube digestif.

Proteus mirabilis vient au second rang, après E.coli, dans l'étiologie des infections urinaires de ville (10 % des cas). C'est une espèce bactérienne habituellement sensible aux antibiotiques.

7.1.6.2 Klebsiella

Ce sont des entérobactéries qui ont un métabolisme fermentaire particulier, c'est-à-dire qui produisent de l'acétoïne (elles sont dites V.P+, c'est-à-dire réaction de Voges-Proskauer positive). Espèce commensales des voies aériennes supérieures et du tube digestif, Klebsiella provoque des infections urinaires (5 % des infections en ville) et des surinfections des bronches chez les bronchitiques chroniques, voire des abcès du poumon. Klebsiella est naturellement résistante à l'ampicilline par production de pénicillinase chromosomique.

7.1.7 Entérobactéries saprophytes

Les autres entérobactéries sont des bactéries occasionnelles et transitoires du tube digestif, mais sont surtout des bactéries saprophytes (environnement). Dénuées de pouvoir pathogène propre, elles jouent surtout le rôle de bactéries opportunistes lors d'infections nosocomiales (urologie, réanimation).

Ce sont essentiellement Enterobacter et Serratia (qui comme les Klebsiella sont VP +), Citrobacter freundii, Morganella morganii, Providencia. Toutes ces espèces sont naturellement résistantes à l'ampicilline et aux céphalosporines de 1ère génération par production de céphalosporinase chromosomique inductible.

 7.2 - Les autres bacilles à gram négatif aerobies non exigeants

7.2.1 Les bacilles à gram négatif des genres pseudomonas et acinetobacter

Bacilles à Gram négatif des genres Pseudomonas et Acinetobacter ont beaucoup de points communs avec les entérobactéries. Ces espèces jouent un rôle important dans les infections nosocomiales et sont volontiers multirésistantes aux antibiotiques (résistance naturelle et acquise), ce qui en rend le traitement difficile.

7.2.1.1 Pseudomonas

Les Pseudomonas sont aérobies stricts, oxydase positif, mobiles, produisant souvent des pigments diffusibles et naturellement résistants à de très nombreux antibiotiques.

Saprophytes, on les trouve essentiellement dans l'eau. Ils peuvent contaminer des solutés pour perfusion, des solutions antiseptiques, des préparations médicamenteuses liquides.

L'espèce principale, Pseudomonas aeruginosa (ou bacille pyocyanique), a les caractères suivants :

  • protéolytique,
  • production de deux pigments : la pyocyanine (pigment bleu), qui est spécifique de Pseudomonas aeruginosa, et la pyoverdine ou fluorescéine qui est présente chez d'autres Pseudomonas.
  • production d'une exotoxine nécrosante par certaines souches.

Pseudomonas aeruginosa exprime son potentiel pathogène lorsqu'il est introduit dans des zones aux défenses immunitaires diminuées. Opportuniste majeur, il est ainsi responsable :

  • des suppurations à « pus bleu » des blessures et des brûlures,
  • d'infections locales iatrogènes après manoeuvre instrumentale : urinaires après cathétérisme, broncho-pulmonaires chez des sujets sous respirateurs, oculaires sur lentille de contact,
  • de septicémies chez les brûlés, les granulopéniques (aplasies toxiques ou thérapeutiques),
  • de surinfection des bronches dans la mucoviscidose, grâce à la production d'élastase.

7.2.1.2 Acinetobacter

Les Acinetobacter sont des bacilles immobiles, souvent groupés en diplobacilles courts, aérobies stricts, oxydase négatif, habituellement saprophytes. Ils jouent un rôle d'opportuniste mineur en milieu hospitalier.

7.2.2 Vibrio cholerae

7.2.2.1 Definition

Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif, incurvés, aérobies-anaérobies facultatifs, mobiles par un seul cil polaire. Vibrio cholerae, responsable du choléra, a été découvert en 1854 par PACINI à Florence et cultivé en 1883 par R. KOCH au Caire.

7.2.2.2 Habitat

Vibrio cholérae se trouve dans les selles des malades et de certains sujets (porteurs sains). Il survit dans les eaux polluées ainsi que sur les objets contaminés.

7.2.2.3 Pouvoir pathogène

Physiopathologie : après ingestion (dose infectante importante de l'ordre de 108 bactéries), Vibrio cholerae se multiplie dans l'intestin grèle sans traverser la paroi intestinale. Il libère une exotoxine thermolabile protéique (entérotoxine) dont l'action déjà décrite chez E.coli (ETEC) entraîne une hypersécrétion d'eau et de chlorures dans la lumière intestinale et inhibe la réabsorption du sodium.

Maladie : après une incubation de 1 à 4 jours, le début est brutal et marqué par des nausées, des vomissements, une diarrhée profuse et des crampes abdominales. Les selles ressemblent à de l'eau de riz et contiennent du mucus, des cellules épithéliales et beaucoup de vibrions. Les pertes en eau (plusieurs litres d'eau par jour) et en électrolytes entraînent déshydratation, collapsus circulatoire et anurie. En l'absence de traitement, la mort survient en 2 à 5 jours dans 50 % des cas environ.

Le choléra évolue souvent sous une forme mineure (simple entérite) et il y a de nombreux porteurs sains de vibrions cholériques en zone endémique.

7.2.2.4 Bactériologie

  • Microscopie
    Bâtonnet en virgule (Vibrio comma de Robert KOCH), fin et très mobile, à Gram négatif.
  • Culture
    Se fait sur milieux usuels, elle peut même s'effectuer sur milieux alcalins (pH 8,5 à 9,2) et hypersalés à 30 % de NaCl. Cette propriété est mise à profit pour la préparation de milieux sélectifs et d'enrichissement (repiquages successifs). Les colonies sont rondes, bleutées, transparentes.
  • Biochimie
    Vibrio cholerae est aérobie-anaérobie facultatif, oxydase positive, nitrate positif et indole positif.
  • Structure antigénique
    • Vibrio cholerae possède un antigène de paroi de nature lipopolysaccharidique (endotoxine). Au sein de l'espèce Vibrio cholerae, on distingue trois sérotypes distincts dits INABA, OGAWA et HIKOJIMA, ce qui aide au typage épidémiologique des souches.
    • L'antigène flagellaire H est commun à tous les vibrions (vibrions cholériques et vibrions non cholériques).
  • Toxines et enzymes
    • L'entérotoxine majeure, appelée choléragène (CT), n'existe que sous un seul type antigénique. Elle donne naissance à des anticorps dont le rôle protecteur n'est pas clairement établi. CT est active à des doses très faibles, < 1 µg sur l'anse ligaturée de lapin. CT est une holoprotéine de 84 kDa (unités A1 et A2 + 5 unités B). CT agit comme la toxine LT de E.coli.
    • V.cholerae produit aussi une entérotoxine mineure.
    • La ou les mucinases produites par V.cholerae semblent digérer le revêtement de mucus intestinal et assurer le contact de la bactérie avec les cellules de la muqueuse.

7.2.2.5 Diagnostic microbiologique

En zone d'endémie (Inde, Sud-Est Asiatique) ou au cours des épidémies, le diagnostic du choléra ne pose pas de problème (clinique). Toutefois les cas sporadiques ou mineurs sont facilement confondus avec les autres maladies diarrhéiques.

La coproculture sur milieux sélectifs à pH 8,5 permet habituellement l'isolement de colonies suspectes qui sont identifiées par l'aspect microscopique des bacilles, l'oxydase positive et l'agglutination sur lame avec les sérums spécifiques.

7.2.2.6 Traitement

Traitement curatif

La réhydratation et le remplacemnt des électrolytes constituent l'essentiel du traitement.Celui-ci est d'autant plus efficace qu'il est plus précoce. L'administration orale de cyclines raccourcit la période d'excrétion des vibrions et diminue la diarrhée.

Traitement préventif

La prophylaxie repose surtout sur l'hygiène générale : adduction d'eau potable, réseau d'égouts, etc…

Créer un site gratuit avec e-monsite - Signaler un contenu illicite sur ce site